Il seminario fu fondato il 10 ottobre 1927, da mons. S. Ecc. Justinas Staugattis, il primo vescovo di Telsiai, due anni dopo la sua nomina.
Il primo rettore fu nominato Mons. Vincentas Borisevicius, il futuro vescovo e martire: sotto regime comunista viene fucilato nel 1946 (ora va condotta la sua causa di beatificazione). Il vicerettore fu canonico dott. Pranas Ramanauskas, anch’egli divenne vescovo, poi fu deportato in Siberia, anch’egli il martire di fede sotto regime sovietico.
Seminario si sviluppò gradualmente. Nel primo anno furono aperti due primi corsi con 43 alunni, nel anno seguente – due altri corsi con 44 studenti. Insegnavano 12 professori.
Dal 1932 in poi furono altri corsi, fino a raggiungere l’iter scolastico completo in otto anni, cioè 3 anni del pre-seminario, ovvero liceo, un anno di filosofia e quattro di teologia, con in media circa 110 – 120 seminaristi. In tredici anni di questo fiorente periodo furono formati circa 150 sacerdoti.
Dopo l’occupazione sovietica, nell’estate 1940, il seminario fu chiuso-soppresso. I seminaristi venivanno trasferiti al seminario di Kaunas, l’unico rimasto aperto, con numero limitato, strettamente controlato dal regime. Nel’autuno del 1941 l’occupazione tedesca permise di riaprire il seminario di Telsiai, però non nella sede originale, che in tal periodo fu adoperato come un ospedale militare, ma nelle case provvisorie. Con il ritorno dei sovietici nel 1946 il seminario fu di nuovo chiuso.
Nell’anno 1989, ancora sotto il regime sovietico, il vescovo di Telsiai di quel tempo Mons. S. Ecc. Antanas Vaicius, superate l’immense difficoltà, ha potuto di nuovo aprire il seminario. Nominò il rettore Mons. Kazimieras Gasciunas, e il padre spirituale – Mons. dr. Steponas Brazdeikis, tutti i due sacerdoti di Telsiai, che finora insegnavano nel seminario di Kaunas. Va sottolineato che in pocchi anni il seminario ha già dato alla Chiesa locale più di 70 sacerdoti.
Negli anni successivi al crolo dell’Unione Sovietica si evidenziarono l’esigenze pastorali di rinnovare e promuovere la cultura teologica nella diocesi di Telsiai e nella Lituania, partendo prima di tutto da una migliore qualificazione teologica dei sacerdoti. Nonostante che tanti seminaristi e sacerdoti furono mandati a studiare alle varie università cattoliche estere, – specialmete a Roma, – si maturava una grande esigenza di avere centro teolgico diocesano. A questo scopo nel 2002, dopo una lunga fase di preparazione, per volontà del vecovo Mons. Antanas Vaicius seminario diocesano a Telsiai diventò una scuola universitaria privata della Repubblica della Lituania che concede istruzione (educazione) superiore secondo il programma dello studio delle Scienze Religiose. Il piano di studi rimaneva incentrato sulle discipline teologiche fondamentali: Sacra Scrittura, Teologia dogmatica, Teologia morale, Storia della Chiesa, Filosofia, Dottrina sociale della Chiesa.